Ottmar Ette leitete des BMBF-Forschungsprojektes zu Alexander von Humboldt „Amerikanische Reisetagebücher: Genealogie, Chronologie und Epistemologie“ (2014-2017). Seit 2015 führt er das Langzeitprojekt „Alexander von Humboldt auf Reisen – Wissenschaft aus der Bewegung“ der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften, dessen geplante Laufzeit 18 Jahre beträgt.
Ette ist Mitantragssteller der DFG-Graduiertenkollegs „Sichtbarkeit und Sichtbarmachung“ (seit 2011), „Zwischen Räumen“ (Internationales DFG-Kolleg mit Mexiko seit 2009) sowie „lebensformen + lebenswissen“ (seit 2006). Zudem ist er Mitbegründer des Forschungsverbundes Lateinamerika Berlin-Brandenburg (ForLaBB). Ottmar Ette hat bislang 18 Monographien vorgelegt. Er wurde mit zahlreichen Preisen ausgezeichnet.
Ab 3. Oktober 2023 erscheint Ottmar Ettes erster Roman «Zwei deutsche Leben» – eine unterhaltsame Kombination von Elementen eines historischen Romans, einer Gelehrtensatire sowie einer beissenden Gesellschaftsparabel.