Ab 2010 war er Dekan, Prior und Generalvikar der Territorialabtei. Zudem war er in der klostereigenen Zeitschrift «Salve» tätig und engagierte sich für den Gregorianischen Choral.
2013 wurde Urban Federer zum 59. Abt von Einsiedeln gewählt und für zwölf Jahre eingesetzt. 2025 wurde er für eine weitere zwölfjährige Amtszeit wiedergewählt. Als Abt der Territorialabtei Einsiedeln ist er Mitglied der Schweizer Bischofskonferenz und steht auch der Benediktinerinnenabtei Fahr vor.